Superkomputery rzadko pracują w pojedynkę. Zwykle spina się je w wielkie układy połączone sieciami o olbrzymich przepustowościach, które tworzą klastry*

* Klaster komputerowy - grupa połączonych jednostek komputerowych, które współpracują ze sobą w celu udostępnienia zintegrowanego środowiska pracy.